Con el antecedente del Instituto de Antropología, fundado en el ámbito del Museo Etnográfico por J. Imbelloni en el año 1947 y la edición de la Revista Runa. Archivo para las Ciencias del Hombre desde 1948, el actual Instituto de Ciencias Antropológicas se crea en 1958 acompañando la fundación de la carrera de grado. Las discontinuidades políticas y el correlato de intervenciones universitarias no solo constituyeron un obstáculo al desarrollo y apertura de líneas de investigación, significaron procesos de exclusión de orientaciones e investigadores por períodos prolongados. A partir de 1984, en el marco de la recuperación universitaria tras la última dictadura militar (1976-1983), el ICA se reorganiza en las secciones de Antropología Biológica, Arqueología, Etnología y Folklore e incorpora en 1985 Etnohistoria y Antropología Social. Esta estructura se mantuvo hasta el año 2007, momento en que se aprueba la creación del Instituto de Arqueología.
La continuidad institucional desde 1984 y el desarrollo de programas de apoyo a la investigación de la propia Universidad de Buenos Aires y de otros organismos nacionales como Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología y la Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica ha posibilitado un significativo crecimiento en el desarrollo de líneas de trabajo, proyectos financiados, formación de equipos de investigación, investigadores, becarios, convenios de cooperación internacionales, y otros aspectos estratégicos de la investigación científica. Estos méritos posibilitaron que en el año 2007 fuera seleccionado por el Consejo Superior de la Universidad de Buenos Aires para formar parte de un conjunto de institutos de excelencia.
Como espacio de investigación este instituto articula tres ejes de práctica: la producción de conocimiento, la formación de recursos y la contribución a problemáticas y requerimientos sociales claves, en términos de transferencia o extensión. Por su carácter de instituto universitario, su especificidad radica en el compromiso de integrar la práctica de investigación con la docencia y desde esta perspectiva, aportar a los programas de enseñanza desde la producción propia de conocimiento y la formación de estudiantes y docentes en los niveles de licenciatura, maestría, doctorado y posdoctorado. Promueve para ello la responsabilidad de los investigadores en el dictado de seminarios, en la organización de actividades académicas con especialistas de otras universidades nacionales y del exterior, en la dirección de becarios y tesis.
En el ámbito del Instituto se editan cuatro revistas de reconocida trayectoria: Runa, Archivo de las Ciencias del Hombre, creada en 1948, publica trabajos del conjunto de las secciones y producción teórica antropológica de investigadores del ámbito nacional e internacional; Cuadernos de Antropología Social perteneciente a la sección del mismo nombre, Memoria Americana de la sección de Etnohistoria y El oído pensante de la sección de Etnología.